信息概要
基因编辑工具酶脱靶效应NGS检测是一种通过高通量测序技术(NGS)评估基因编辑工具(如CRISPR-Cas9、TALENs等)在目标位点外可能引发的非特异性编辑的检测服务。该检测对于确保基因编辑的安全性和有效性至关重要,能够帮助研究人员和临床开发者识别潜在的脱靶位点,优化编辑工具的设计和应用,从而降低基因治疗或农业育种中的风险。本检测服务覆盖多种基因编辑工具酶,提供全面、精准的脱靶效应分析,为科研和产业应用提供可靠的数据支持。
检测项目
脱靶位点识别,脱靶频率统计,目标位点编辑效率,插入缺失分析(Indels),单核苷酸变异(SNVs),结构变异检测,同源重组评估,非同源末端连接分析,全基因组脱靶扫描,转录组脱靶效应,表观遗传修饰影响,脱靶位点功能注释,脱靶位点保守性分析,脱靶位点与疾病关联性,脱靶位点染色体分布,脱靶位点序列特征,脱靶位点二级结构预测,脱靶位点与调控元件重叠分析,脱靶位点与编码区重叠分析,脱靶位点与非编码区重叠分析
检测范围
CRISPR-Cas9,CRISPR-Cas12a,CRISPR-Cas12b,CRISPR-Cas13,TALENs,ZFNs,Base Editors,Prime Editors,MegaTALs,ARCUTs,Adenine Base Editors,Cytosine Base Editors,Digenome-seq,GUIDE-seq,BLESS,HTGTS,DISCOVER-Seq,VIVO,Circle-seq,SITE-Seq
检测方法
全基因组测序(WGS):通过高通量测序技术全面扫描基因组中的脱靶位点。
目标区域捕获测序:针对特定区域进行深度测序,提高脱靶检测灵敏度。
GUIDE-seq:利用双链断裂标记技术识别脱靶位点。
Digenome-seq:通过体外切割基因组DNA和高通量测序检测脱靶效应。
BLESS:直接检测DNA双链断裂位点,评估脱靶活性。
HTGTS:高通量基因组易位测序,用于检测染色体结构变异。
DISCOVER-Seq:通过检测DNA修复蛋白结合位点识别脱靶编辑。
Circle-seq:环化基因组DNA测序技术,用于全基因组脱靶扫描。
SITE-Seq:通过体外切割和测序技术检测脱靶位点。
RNA-seq:分析基因编辑对转录组的影响,识别脱靶效应。
ChIP-seq:检测编辑工具对表观遗传修饰的潜在影响。
单细胞测序:在单细胞水平评估脱靶效应的异质性。
长读长测序(PacBio/Nanopore):用于检测复杂结构变异和大片段插入缺失。
数字PCR:高灵敏度定量检测低频脱靶事件。
荧光报告系统:通过荧光标记快速评估编辑工具的脱靶活性。
检测仪器
Illumina NovaSeq 6000,Illumina HiSeq X Ten,Illumina MiSeq,PacBio Sequel II,Oxford Nanopore PromethION,Thermo Fisher Ion GeneStudio S5,Bionano Saphyr,Agilent 2100 Bioanalyzer,Qubit Fluorometer,Nanodrop spectrophotometer,Covaris M220,Covaris S220,Bio-Rad QX200 Droplet Digital PCR,Applied Biosystems 7500 Real-Time PCR,Thermo Fisher QuantStudio 7 Flex,Beckman Coulter Biomek i7